Por que, em geral, é uma boa ideia deixar o escopo global de um site como está e nunca modificá-lo?

JavaScript que é executado no navegador tem acesso ao escopo global, e se todos usarem o namespace global para definir suas variáveis, as colisões provavelmente ocorrerão. Use o padrão do módulo (IIFES) para encapsular suas variáveis dentro de um namespace local.